Un estudio reciente, aleatorizado y controlado con clorohexidina, comprueba la eficacia del agua ozonizada en el tratamiento de la periodontitis. Parámetros clínicos como la placa gingival y el sangramiento señalan al ozono como superior al tratamiento con clorohexidina, que tiene como reacciones adversas inducir la decamación de la mucosa y retardar la cicatrización, entre otras. Además, el ozono mostró un efecto bactericida contra Aggregatibacter actinomycetemcomitans y fungicida contra Candida albicans superior al control. En cambio, la ciclohexidina resultó superior en los efectos antivirales. 
Las propiedades antimicrobianas del ozono han promovido su uso como agente antiséptico alternativo en Estomatología. 
Una revisión sistemática publicada en el 2008 reveló la potencialidad del uso del ozono en Estomatología de acuerdo con estudios in vitro, si bien señala la necesidad de ensayos bien diseñados en pacientes que permitan definir recomendaciones de uso clínico.