La sección es la representante de una disciplina, área o elemento básico de las especialidades. No se admiten secciones con igual denominación en distintas sociedades. Las secciones brindan la posibilidad de facilitar la unión o confluencia de otros especialistas que trabajen en actividades afines a esa parte de la especialidad, así como promover su desarrollo.
Desde el punto de vista internacional, las secciones de la sociedad pueden acreditarse como la representación de la Sociedad Cubana correspondiente, aunque permanece el reconocimiento nacional con la categoría de sección.
Dentro de la sociedad se distinguen las secciones de:
1) Esclerosis múltiple (fundada el 3 de julio de 2003)
2) Trauma craneoencefálico
3) Neuroncología
4) Neurocirugía vascular (la 2, 3 y 4 fueron fundadas el 4 de julio de 2008, en el Congreso de Neurocirugía, Camagüey)
5) Neuropediatría
6) Trastornos del movimiento (la 5 y 6 fueron fundadas el 18 de marzo de 2010, en el Congreso de Neurología, Cienfuegos)
7) Historia de la Neurología y la Neurocirugía (fundada el 26 de abril de 2013)
8) Neurocirugía pediátrica (fundada en 2011)
9) Neurocirugía raquimedular
10) Neuroendoscopia
Los capítulos permiten hacer más operativa la actividad por provincias o regiones. Los capítulos provinciales de las sociedades científicas se identifican con el mismo nombre de la sociedad, deben señalar su condición y la provincia sede. La provincia debe contar con no menos de quince miembros posibles. A ese efecto se consideran posibles miembros los especialistas oficialmente calificados y los que se encuentren en la etapa de calificación (residentes de ambas especialidades).
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