La Sociedad Cubana de Gastroenterología se fundó en el año 1968, con el Dr. C. Raimundo Llanio Navarro como presidente y el Dr. Manuel Paniagua Estévez como secretario; ambos eran miembros del Comité Internacional de la Organización Mundial de Gastroenterología. El Dr. Llanio asumió la dirección de la especialidad en el país, presidió la Sociedad hasta el 2005 y dirigió sus esfuerzos al desarrollo de la especialidad en cada provincia.
Su creación fue parte del proceso de desarrollo de la especialidad en nuestro país. En el año 1962, el Ministerio de Educación Superior aprobó la residencia de Gastroenterología y en este mismo año se graduó el primer grupo reducido de especialistas y técnicos. En 1966 se crearon los Institutos Nacionales de Investigación por especialidades, entre ellos, el Instituto de Gastroenterología como centro rector de la especialidad.
Los institutos fueron creados para proporcionar el desarrollo científico-técnico, la preparación calificada de recursos humanos y la promoción de la docencia. Es entonces que la Gastroenterología en Cuba comienza a destacarse por su importancia en el diagnóstico de afecciones abdominales agudas que requieren tratamiento quirúrgico de urgencia.